Producto de las muchas traslaciones que sufrió la Misión San Juan Bautista, de sus templos solo quedan vestigios: las ruinas de una torre en la población de Las Taperas de San Juan Bautista y un pequeño templo en precaria situación en la población de San Juan Bautista de Chiquitos. Este templo, que fue construido al lado de las ruinas del templo misional data del año 1947, tiene 24 metros de largo con 2.6 metros de alto y 10,20 metros de ancho. Al lado sur del presbiterio existía una sacristía de 6.6 metros de largo con 4,50 metros de ancho. A algunos metros distantes de la entrada hay un campanario de seis horcones de siete metros de alto, con su techo de tejas coloniales, con seis campanas antiguas de bronce, de distintos tamaños, de 5 a 15 arrobas de peso.
Historia de San Juan Bautista
La Misión de San Juan Bautista fue fundada en junio de 1699 por los PP. Juan Bautista de Zea y J. Patricio Fernández a 30 leguas de San José de Chiquitos en el Macizo del Sunzas abajo del Tucavaca. Al poco tiempo el P. Zea es nombrado superior de las misiones guaraní, dejando solo al P. Fernández, quien durante algunos años se dedica a buscar nuevos indios para incrementar la población de la misión.
Hacia el año 1705 una epidemia diezmó a los habitantes de San Juan Bautista, y muchos otros huyeron asustados. El misionero se vio entonces obligado a cambiar la ubicación del pueblo y a construirlo en otro lugar más sano, cinco leguas más hacia el occidente, conocido hoy como San Juan El Viejo, al sudeste de San José, camino de Santiago. Sin embargo la escasez de misioneros obligó a cerrar temporalmente la reducción y repartir a sus habitantes entre otras reducciones.
En 1713 al retornar el Padre Zea se reabrió la misión en un lugar que distaba unas diez leguas de San José, en una llanura llamada el Naranjal. Encargándose de ésta reducción el P. Juan Bautista Sandra. En este lugar trabajó el Padre Martin Schmid construyendo un templo, del cual hoy en día solo queda la ruina de una torre. Este lugar se lo conoce hoy como Las Taperas de San Juan Bautista.
Después de la expulsión de la Compañía de Jesús continuó la vida azarosa de ésta misión, el año 1772 el cura don Ildefonso Vargas y Urbina, por motivos notorios de escasez, solicitó a la Audiencia de Charcas y al Obispado de Chiquitos el nuevo traslado, viniéndose con toda la gente para sembrar y edificar, nuevamente al lugar de San Juan El Viejo, cuyas ruinas visitó posteriormente d´Orbigny el año 1831.
Entre 1788-1799 nuevamente se traslada la Misión a dos o tres kilómetros de San Juan el Viejo a su actual ubicación conocida hoy como San Juan de Chiquitos, un pequeño poblado del Municipio de San José de Chiquitos. El 05 de agosto de 1811 la misión sufre un terrible incendio que le genera un acentuado descenso poblacional. Este incendio, destruye la iglesia y supone la desaparición de numerosos bienes. Entre los bienes muebles de San Juan Bautista destacan los Cristos Crucificados, probablemente la mejor obra escultórica de las misiones.
